大唐初年，大旱，司天监高盛爻奉命祈雨，遭奸人破坏，副监洛何遇害身亡。三法司侦查不力，龙颜震怒，高盛爻向圣人举荐死囚独孤，可令其戴罪立功，并限他五日破案，为了防止独孤潜逃，指派大理寺丞计多道和监察御史凌迁越监督他查案。在调查时，偶遇一个名叫花蕾的姑娘，也为此案而来。四人联手查探，发现线索直指崔氏嫡孙崔成梁。崔氏乃五姓七望之一，门生故吏遍布朝野，权势滔天。独孤遇到极大的阻力，却发现崔成梁是被人栽赃嫁。线索指向司天监高盛爻，独孤怀疑是他在贼喊抓贼，随着案情深入，更大的阴谋被揭开……

殿试在即，应天书院却接连传出书生被阎罗索命，包拯在收到恩师院长的奇怪信件后，与展昭动身前往书院一探究竟。然而，这座书院并没有看上去的那么简单，院长不知所踪，书生接连身亡，整个书院笼罩在诡异的气氛之下，包拯为寻回恩师，阻止阎罗的杀人行动，决心将此事调查清楚。遭遇咄咄逼人的监院，偶遇青梅竹马的院长女儿，包拯更只身探访阴森恐怖的阎罗十殿。这些看似毫无关联的人事物，随着真相的逼近逐渐交织在一起，而令包拯没想到的是，这不单单是一起连环杀人案，朝堂之上还隐藏着更大的阴谋...

本片以上古神话人物神农为故事背景，以寻找神农宝盒为线，用科学的态度诠释神话传说，讲述了身为普通人的姜城子，突然有一天变成身兼拯救人类的重大历史使命的角色，面对着强大的邪恶反派木风尘及其异人部族，姜城子由一开始受限于自身狭窄的眼界与格局，渐渐成长为牺牲自己守护世界的英雄形象，面对着前路未知的艰辛与危险，在众人齐心协力的帮助下历经千辛万苦勇于向前与反派斗争到底，最终汇集众人智慧与力量战胜反派解除人类危机的故事。