凯文·伊斯特曼

在纽约市一条大街的地下管道里，住着四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特，为了保卫城市家园，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士展开殊死搏斗。新一代的忍者龟比以往忍术更高强！四个忍者龟兄弟离开栖身已久的下水道，来到世界大都市纽约。他们将要面对的是令人惊叹的花花世界，还有那些不太友好的敌人！

变异剂洒落纽约，很多人和动物都惨遭变异。艾普莉尔的父亲科比变成了蝙蝠，巴克斯特博士也与03版对应地变成了苍蝇。此外，很多新的变异体纷纷出现。实力超群的虎爪，亦正亦邪的刺霸，可爱卖萌的冰淇淋猫咪，还有米开朗琪罗最怕的松鼠怪。