几百万年以前，在一个名叫塞伯坦的星球上存在着智慧生命。但他们不是我们所熟悉的生命形态。在星球居住着有思维有感情的智慧机械体变形金刚。变形金刚分为汽车人和霸天虎。残忍的霸天虎们唯一的目标就是彻底统治宇宙，他们计划要消灭热爱和平的汽车人。一场正与邪的战斗席卷了整个塞伯坦。丰富的资源几近匮乏。汽车人们在这性命攸关的时刻勇敢地选择为生存而战，他们登上了飞船方舟号去宇宙中寻找新的能源，霸天虎们也乘坐暴影号飞船紧随其后。

五个汽车人军团中负责维修的汽车人机器人（擎天柱、大黄蜂、救护车、警车及隔板）找到了传说中的能量火种源，因而被牵涉到一场汽车人及霸天虎之间的大战。这场太空大战令到这五个汽车人被泄留在22世纪中期的底特律。在地球上认识了一个叫做莎莉桑达克的人类。

在汽车人基地被消灭后，汽车人成员分散全美各地。烟幕则找到了奄奄一息的擎天柱，并在他交代下从霸天虎战舰夺回索拉斯大槌。此时，震荡波在赛伯坦偶然遇见正在搜集残局的霸天虎，之后返回队伍，也同时带来了掠兽金刚准备向汽车人大开杀戒。

地球上的战争虽然结束，但变形金刚之间的战争并未告终。红蜘蛛飞回塞博坦星球，打算带着军队再回到地球决一死战。汽车人（博派）发现威震天的尸体不见了，原来已被萨克巨人偷走，威震天随后被复活，决心要开始复仇。与此同时，红蜘蛛也正率领塞博坦的援军赶来，汽车人在这时增强了自己的战斗力，一场大战在所难免……